Част от объркването около смъртта на JonBenét Ramsey се отнася не само до обстоятелствата около нейното изчезване и откриване, но и до начина на самата й смърт. Има няколко странни подробности около нейното убийство, които накараха мнозина да се замислят дали е инсценирана или дали някои аспекти имат за цел да прикрият истинския убиец. Тя е убита на Коледа през 1996 г., едва на шест години, а тялото й е открито във винарската изба на дома й, въпреки бележка за откуп, открита от нейните родители, която показва, че е била отвлечена. И така, как е умрял JonBenét Ramsey?
Шефът на полицията Марк Бекнър, който работеше по случая „Рамзи“, когато това се случи, направи AMA Reddit, в който той обсъди подробности по случая. Според него Джон Бенет е бил ударен в главата с предмет, който може би е бил фенерче или нещо подобно, което е счупило черепа й и я е чукало в безсъзнание. Четиридесет и пет минути по-късно тя беше удушена с гарата, направена от шнур и счупена четка за рисуване, взета от дома в Рамзи. Задушаването е това, което в крайна сметка я уби, казва Бекнер, но ударът в главата би я убил в крайна сметка. Възможно е да е била нападната сексуално, въпреки че шеф Бекнер вярва, че травмата на гениталиите й е инсценирана. Тя също беше намерена със завързани ръце и лепенка над устата. На местопроизшествието имаше ДНК, но тя не съвпадаше с никой от заподозрените полицаи.
Има и други странни подробности. Освен счупената четка за боядисване, друга част от която е намерена сред артикулите на изкуството на Патси Рамзи, в стомаха на JonBenét е намерен ананас, който се смяташе, че е погълнала само час или два преди смъртта си. Нито един от родителите й не си спомни да даде ананас на JonBenét, но в кухнята имаше купа с ананас. Това прави хронологията още по-любопитна - щеше ли някой нарушител да има време да даде лека закуска на JonBenét, да напише бележка за откуп от две и половина страници (дори има потенциален първи чернови на бележката, намерена в къщата), блудство JonBenét и след това да изчакате час или повече, за да я удушите? Всичко без да оставя отпечатъци след себе си или някакъв знак, че къщата е разбита?
Мястото на престъплението обаче е потенциално компрометирано от толкова много хора, които влизат в къщата веднага след това, включително семейството и приятелите на Рамзеите. И през годините се появиха нови доказателства. Те сега смятат, че на JonBenét може да е използван зашеметяващ пистолет, а в мазето са открити и два различни отпечатъка на обувки. В допълнение към това по бельото на JonBenét от нощта на убийството е открита кръв, съдържаща ДНК на неизвестен мъж. ДНК не е съпоставен с никого от съществуващата база данни на полицията или някой от заподозрените по делото. Не съвпадаше и с Рамсей.
